该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
黄体酮是属于孕激素，有维持妊娠继续的作用，尤其在怀孕70天内，如果过量使用，可能引起男性胎儿有一定女性化倾像，女性胎儿阴道腺疾病增加，普通使用不会导致这些副作用的。要多注意休息不能劳累。
黄体酮栓保胎没有影响。
孕妇在确诊怀孕之后，如果检查发现孕酮偏低，但是没有出现阴道流血，就可以在医生的指导下服用黄体酮胶囊，加上黄体酮栓来进行保胎治疗。但是如果孕妇存在阴道流血的情况，使用黄体酮栓就会影响保胎效果。所以孕妇的保胎治疗一定要在医生的指导下进行。
建议孕妇在确诊怀孕之后，及时补充叶酸，并避免发生性生活。
子宫肌瘤后壁打黄体酮保胎会影响怀孕，但是影响的不大，定期去医院做b超检查，看是否有生长的变化。但是在怀孕期间子宫肌瘤会随着雌激素的增长而变大，就会导致流产、胎位不正及早产发生。因此孕期要注意，不要忽视。
要根据每次复查结果，看孕酮上升的程度而定，如果服用黄体酮后，血液中的孕酮的数值升到正常，就可以逐渐地减少用量，一周至十天左右再去复查一下，如果仍然保持正常，就可以停掉黄体酮了。
黄体酮胶囊属于孕激素，也属于保胎药。在怀孕初期的时候，女性可以通过服用黄体酮，降低妊娠子宫对缩宫素的敏感性，来缓解黄体功能不足，孕激素下降导致的出血、腹痛的先兆流产等症状，如果出血十分明显，可以服用黄体酮胶囊和维生素e，达到保胎的效果。另外黄体酮胶囊不良反应比较小，只有极少数服用者会出现头晕、恶心等症状。
