可以选取任脉和足太阴脾经的穴位，比如中极穴，可以通调冲任，理下焦之气；地机穴，能够行气活血止痛；三阴交穴，能够调理肝、脾、肾，活血止痛。还可以用次髎穴，是治疗痛经的经验穴位。
一般情况下，膝疼可以用来艾灸血海、犊鼻、膝眼、足三里等穴位，具有舒筋活血、行气通痹、消炎止痛的作用。此外，还可以采用隔姜灸或温灸器灸，把生姜切块放在穴位上，把艾绒搓成圆柱形，放在生姜上，然后点着了再用艾灸，每次可以灸2-3根。灸器灸是将一根艾草点燃，放在一个针筒里，然后放在膝盖的前面或者两边，一次15-20分钟。一定要控制好水温，以免造成烧伤。建议患者在专业人士的手法下进行艾灸，有较好的治疗效果，不可擅自进行艾灸，可能会加重病情。
一般腹部的穴位，都有治疗腹痛的作用，比如艾灸常用的穴位，比如神阙穴，大横穴，期门穴，上脘，中脘穴等。腹痛的原因包括炎症：如急性胃肠炎，急性胆囊炎，阑尾炎。穿孔：主要是十二指肠溃疡穿孔，小肠穿孔，结肠穿孔。出血性疾病：胃十二指肠溃疡大出血，胆道出血，门静脉高压引起的出血。
艾灸治失眠头痛灸百会穴取穴，将耳郭折叠向前，找到耳尖，经过耳尖连成一线，与正中线的交点处取穴，镇痛止晕，清热开窍，健脑宁神，安神定志，升阳举陷，主治头痛，眩晕，耳鸣，耳聋，目不能视，鼻塞，鼻出血。
一般来说，如果在来月经的时候进行艾灸，通常灸腹部远处的穴位最好，比如三阴交、阴陵穴、地机、漏谷等。三阴交一般位于内踝上三寸，胫骨前缘；地机穴和漏谷穴一般位于小腿内侧；阴陵穴一般位于膝盖之下，即胫骨内侧下缘和内侧缘之间的凹陷。如果在艾灸腹部的穴位，可能会导致月经量增加。如果是在非月经期进行艾灸，位置通常位于下腹部。
腰疼可以灸肾俞穴：俞通输，肾俞是肾气直接输注入背部的穴位，不管是肾阳虚还是肾阴虚，都离不开它。它是阴阳同补的一个穴位，艾灸此穴，能够振奋肾脏的元气、缓解腰痛的作用。腰俞穴：本穴物质为长强穴传来的水湿之气，至本穴后，因其散热冷缩水湿滞重，上不能传于腰阳关穴，下不得入于长强穴，因此输向腰之各部，故名腰俞。太溪穴：太溪是肾经的原穴。原穴能够激发、调动身体的原动力，但调动起来后一定要把它储藏起来，即储藏到涌泉穴，这样您就有健康的根基了。
