一般来说，如果在来月经的时候进行艾灸，通常灸腹部远处的穴位最好，比如三阴交、阴陵穴、地机、漏谷等。三阴交一般位于内踝上三寸，胫骨前缘；地机穴和漏谷穴一般位于小腿内侧；阴陵穴一般位于膝盖之下，即胫骨内侧下缘和内侧缘之间的凹陷。如果在艾灸腹部的穴位，可能会导致月经量增加。如果是在非月经期进行艾灸，位置通常位于下腹部。
一般情况下，痛经艾灸以下位置：
痛经是妇科临床上比较常见的症状之一，女性出现痛经是由于女性的子宫内膜分泌的前列腺激素升高，或是由于自身存在的一些妇科问题所导致的。可以通过艾灸来进行治疗，可以选用子宫、涌泉、三阴、足三里、阴陵、神阙、关元等穴位进行艾灸，能够疏通经络，从而缓解痛经。同时做好保暖工作，尽量不要受凉。
可以选取任脉和足太阴脾经的穴位，比如中极穴，可以通调冲任，理下焦之气；地机穴，能够行气活血止痛；三阴交穴，能够调理肝、脾、肾，活血止痛。还可以用次髎穴，是治疗痛经的经验穴位。
艾灸具有活血化瘀的作用艾灸可以治疗痛经，可以起到一个调理，活血作用，但是在月经期尽可能不要艾灸。以免增加月经量和延长月经的时间，以免对身体带来危害。痛经分为生理性的和病理性的，查找原因对症处理。平时注重保暖，防止受凉感冒，饮食以温热温补的食物为主，加强体育锻炼，提高身体抵抗力。
艾灸根据中医学理论是可以治疗痛经的，但是起效稍慢，艾灸穴位一般有一下几个1.中脘、足三里；2.期门、太冲；3.关元、三阴交；4.肾俞、海照。具体操作需要专业中医艾灸治疗。同时多注意休息，避免过于劳累，增加营养，忌寒凉，辛辣食物。