使用干扰素抗病毒治疗，可以取得比较好的效果。甚至有一小部分可能会出现乙肝表面抗原的消失、乙肝表面抗体的产生，但此类人群比较少。对于慢性乙肝来说，干扰素的使用指征需要严格控制，一般需要优选人群，且在治疗过程中需要密切监测干扰素的不良反应。
干扰素在治疗乙肝方面的作用，主要是通过和靶细胞表面的干扰素受体结合，阻止病毒蛋白质合成，从而抑制乙肝病毒复制，发挥抗病毒的作用。干扰素还具有多重免疫调理作用。因此，干扰素在治疗乙肝方面起着非常重要的作用。
干扰素分普通干扰素和长效干扰素。普通干扰素大概每支50元-100元，一年大概9000元-20000元。进口干扰素大概1000元-2000元每支，乙肝在使用干扰素抗病毒期间，要处理好各种不良反应，包括必要时减量，对症处理或中止治疗等。
抗乙肝病毒治疗主要是核甘类抗病毒药和聚乙二醇干扰素为主。聚乙二醇干扰素治疗乙型肝炎具有双向免疫调节作用的优势，既可以降低乙型肝炎病毒载量，又可以增加血清转换率。但是，聚乙二醇干扰素的副作用比较多，常见的副作用是，初期会有流感样症候群的表现，可以导致白细胞和血小板降低。另外，常见的副作用还有对于患者情绪的改变，以及有高血压，糖尿病等，应该慎用。
乙肝的病毒携带者，如满足了干扰素的抗病毒治疗，应主动应用干扰素进行抗病毒治疗，但也有其不足之处，例如肝硬化失代偿期肝功能不好的患者，以及引起自身免疫有关的病症，例如甲状腺炎，自身免疫性的肝炎等。
干扰素的抗菌疗法有很大的优势，最大的优势就是可以停止使用。对于一些乙肝表面抗原呈阴性，但表面抗原含量偏低的患者，可以通过转阴来完成乙肝表面抗原的转阴，从而使乙肝病毒转阴，这个几率在30%以上，并且在转移后可以停止服用，周期比服用的护肝类的药物要快一些，大约需要一年的时间。
打干扰素治疗乙肝一般要一到两个月以后才可以看到病毒量降低。干扰素的作用相对较慢，不是直接的杀灭病毒，而是抑制乙肝病毒；所以需要有个过程。这种药物不是想用就能用的，一定要根据各项检查的结果，结合患者的年龄、性别、病史综合分析，选择恰当的治疗时机，才能达到疗效。
