怀孕三个月腰疼的厉害的原因如下：
因为怀孕后胎盘分泌松弛素使椎骨间关节韧带松弛，孕妇会感觉到腰部和肢体有疼痛不适感。同时长期久站或者长期久坐，以及过度劳累和受凉，都可能会引起腰部出现疼痛的现象。腰肌劳损、腰椎病变也会引起腰痛。一般怀孕后腰疼经过休息、改变体位、按摩等方式可以缓解。如果症状较严重，应及时前往医院进行检查并接受治疗。
输尿管结石不会对妊娠产生多大的危害，但同时存在剧烈的疼痛，可能会出现流产、早产等方面的危险，此时应通过药物或手术进行治疗。
在妊娠早期，如果发现有输尿管结石，可以选择保守的方法。若发现有结石，但没有明显的临床表现，可以进行产后治疗，也可以采用适当的多喝水，同时采用健侧躺姿，以减少对病人的输尿管的压迫，以提高排泄效果。有明显的痛楚可以用来解痉止痛，如果是有感染的，可以考虑使用抗生素，但是在孕妇使用时要注意，因为有些药品会对孩子造成一定的伤害，对孩子的安全还不清楚，所以要慎重。如果不能进行保守疗法，就必须进行外科介入。在孕期如果有上述情况，一定要尽快去医院就诊，避免给自己和孩子带来的伤害。
做完输尿管结石手术腰疼正常，绝大多数做完手术腰部不会疼痛，症状会明显的缓解。有一部分会有腰痛，主要就是输尿管支架管的耐受性不好，有残留的小结石往下移动，导致刺激症状引起疼痛。
出现这种情况的原因有子宫刺激、先兆流产、腰椎问题等。
第一，子宫后弯后斜，由于子宫体积的增加会对后腹膜造成一定的刺|激，从而导致腰部疼痛。
第二、如果有先兆流产，可能会导致腰疼，需要进行抽血、血液分析、黄体酮等方面的检测，同时还要进行b超，以明确胎儿的生长状况，以及胎儿的生长与停经时间的长短。
第三，腰椎有问题，例如腰间盘突出，妊娠期间子宫体积变大，体重增加，腰间盘突出会加剧腰间盘突出，出现腰疼，需要到正规的医院进行全面的体检。
妊娠早期腰痛并不是因为子宫对腰肌的挤压，还需要考虑有没有腰椎的问题，需要通过腰椎核磁共振来确诊。
出现这种情况，孕妇可以通过热敷、按摩、理疗等方式来缓解。妊娠中期和妊娠后期可能会有腰部疼痛的症状，主要是由于增大的子宫对腰椎和腰肌造成的压力。一般在生产结束后，一般会减轻，要多休息，多吃点东西，按时做孕期检查。
孕妇怀孕腰疼是因为随胎儿长大，在怀孕后体重会逐渐增加，身体脂肪含量变高，其中变化最大的是肚子，胎儿不断增大引起肚子隆起，这些负重增加了腰部的受力，加上怀孕期间激素改变，怀孕期间肌肉弹性会比较差一点，腰部的肌肉弹性会减弱，这样容易导致腰痛的产生。
