怀孕三个月腰疼的厉害的原因如下：
因为怀孕后胎盘分泌松弛素使椎骨间关节韧带松弛，孕妇会感觉到腰部和肢体有疼痛不适感。同时长期久站或者长期久坐，以及过度劳累和受凉，都可能会引起腰部出现疼痛的现象。腰肌劳损、腰椎病变也会引起腰痛。一般怀孕后腰疼经过休息、改变体位、按摩等方式可以缓解。如果症状较严重，应及时前往医院进行检查并接受治疗。
怀孕后腰疼大多是属于正常的生理反应，也可能是疾病导致，具体如下：
1.正常情况：怀孕之后体内雌激素和孕激素分泌旺盛，会对身体产生刺激，从而出现腰痛症状。怀孕之后子宫慢慢增大，导致其他器官受到压迫，从而出现牵扯疼痛。还有可能是平时久坐、久站，不注意腰部保养而导致的腰疼情况。
2.还可能是疾病引发：比如腰椎间盘突出、腰椎病、腰肌劳损等各种问题都会引发腰痛症状，建议根据实际情况来进行治疗。若是属于正常的身体反应，可以不必担心，平时多注意休息，适当活动，能够有效的缓解腰疼症状。
怀孕三个月出现腰痛的情况，比如说胎儿逐渐增大，压迫到周围组织或者神经从而引起的症状，而且在这期间是胎儿发育的时期，胎儿骨骼生长需要钙来源，孕妇缺钙也有可能会引起腰痛，要多补充些含钙高的食物或者钙片，有利于胎儿生长发育，建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
女性在怀孕三个月的时候，出现腰疼的厉害的情况，可能是：
1、怀孕后，子宫和盆腔充血而导致。
2、由于子宫慢慢增大，向后压迫腰骶部的神经引起。
3、由于产妇没有休息好，平时剧烈的活动，导致腰骶部肌肉的拉伤，引起腰疼严重。
4、最严重的，还可能是先兆流产的现象。女性在先兆流产时，常常就会出现腰疼明显，还会伴有阴道出血和腹痛表现。
怀孕3个月有腰疼感，可能与胎盘分泌的松弛素使骨盆韧带及椎骨间的关节韧带松弛有关。增大妊娠子宫向前突使躯体重心后移，腰椎向前凸，使背肌处于持续紧张状态。因此孕妇常出现轻微腰背痛，休息时，腰背部垫枕头可缓解疼痛，必要时应卧床休息，局部热敷及服止痛药物。
怀孕腰疼腿疼可能是胎儿的迅速增长、腰椎间盘突出压迫等原因导致的。
在怀孕期间胎儿的快速增长会导致身体生理曲度的变化，比如腰椎过度前突，骨盆下肢的力线就会发生变化，同时腰部和下肢的肌肉也会承受更多的负荷，从而导致肌肉疲劳，导致腰部和腿部疼痛。腰椎间盘突出压迫神经根，可能是由于生理曲度的改变，导致以前的腰椎疾病复发，导致腰部和下肢疼痛。