子宫内膜薄的原因有内分泌严重失调，失调就会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，导致子宫内膜薄。多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄。子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，有的子宫造影已经不是倒梨形了，甚至是细长条，这种因先天性畸形造成的子宫内膜薄很难治疗。
一般初潮龄较迟或初潮后经量过少，第二性征出现较迟，月经后雌激素分泌不足，常见的症状有行经期短、经量极少、甚或点滴即净、色淡红、兼有头晕耳鸣、腰酸腿软、足跟痛等症状。适量的雌激素、孕激素可以在一定程度上增加子宫内膜的厚度，改善子宫内膜薄的症状；多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄；子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略。
子宫内膜薄是雌激素偏低的原因造成的，引起雌激素过低的原因有垂体异常，糖尿病、甲亢、甲低等引起的，可以到当地三甲医院或者等级以上的医院进行检查治疗，排除病变的可能，多吃黄豆和豆制品，能补充雌激素。
如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；内分泌失调会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，造成子宫内膜薄。先天性畸形造成的子宫内膜薄，子宫内膜炎、多囊卵巢综合征，都有可能破坏子宫内膜的生长。
清宫手术或者人工流产造成子宫内膜损伤引起宫腔不全粘点导致子宫内膜偏薄。内分泌失调引起的雌激素水平过低，可以引起子宫内膜过薄。结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。
先天因素，部分女性子宫内膜先天偏薄。宫腔操作，有流产史的女性存在宫腔操作史，易造成宫腔粘连或子宫内膜损失。子宫内膜结核，结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。节育环的频繁操作，节育环出现异位及取环等各种手术操作，反复损伤子宫内膜，导致其逐渐变薄。
