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微波炉加热食物的同时会使食物的分子结构发生改变，产生人体不能识别的分子，其中有些具有毒性，还可能致癌。肉类、奶类、谷物、水果和蔬菜经微波炉加热后都可能产生引起癌症的化学物，因而平时应尽量少食用微波炉加热的食物。
经常吃微波食品的人或动物，体内会发生严重的生理变化。以微波炉烹煮或加热食物，会破坏食物营养，使到食物的营养大大减少，因为电磁波辐射改变和破坏了食物的分子结构。
只要正确使用微波炉，加热食物有毒就不会对人体产生危害。家用微波炉微波的频率是2450兆赫，这种微波不能透入人体伤害内部的器官和组织，只能使皮肤和体表组织发热而已，只要不是持续长时间地辐射，一般不会对健康构成危害。
酸奶加热后是没有毒的。但是如果喝酸奶的时候，不要加热，加热的话有可能会让酸奶当中的益生菌大量的死亡，酸奶本身的价值就会降低，并且酸奶的味道也会发生变化。也能够维护肠道菌群生态平衡。
使用微波炉不会致癌。微波炉加热是物理加热，原理是使食物分子剧烈运动摩擦产生的热来加热食物的，不会改变食物的性质，自然就不会致癌物产生。微波是一种电磁波，跟收音机、电报所用的电波、红外线以及可见光本质上是同样的东西。
孕妇在怀孕期间用微波炉伤害很大，因为微波炉在工作过程中会产生一定的辐射。微波炉所产生的辐射比手机，电脑，电视等辐射还要大一些。所以孕妇怀孕期间要远离辐射源，尤其是怀孕初期，也就是怀孕前3个月的时候，是胎儿形成发育阶段，如果长期接触辐射源会影响胎儿正常发育，导致胎儿出现畸形等。
