一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
通常情况下，甲状腺囊肿不能自己消除。具体分析如下：
甲状腺囊肿是由甲状腺结节囊性变而来，绝大多数为良性。多数甲状腺囊肿本质是结节性甲状腺肿或甲状腺腺瘤，前者最常见，往往多发，经历了增生期、胶质贮存期，最后到结节期。在囊性变之后，就成了所谓的囊肿，不会自行消失，而且还会逐渐增大。甲状腺囊肿病变性质不容易发生変化，少数人可以有囊内出血而迅速增大，但这种变化多可以自止，病变性质无变化，不必过于紧张。
甲状腺囊肿能吃海鲜。甲状腺疾病的种类比较多，甲状腺炎，甲状腺功能减退，单纯性甲状腺肿都可以吃海鲜。尤其是单纯性甲状腺肿，多和缺碘有关，而海鲜属于富含碘的食品，适量多吃点有助于改善病情。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
