乙肝小三阳肝功能不正常，说明乙肝病毒造成了肝细胞的损害比较明显。到医院进一步进行乙肝病毒DNA和肝纤四项及彩超检查。如果病毒复制不明显，没有明显的肝脏纤维化表现，那么只需要进行保肝治疗。如果病毒复制明显，就需要进行抗病毒治疗。
乙肝小三阳，如果肝功能正常，病毒量低，腹部彩超正常，无需治疗，只需定期复查腹部彩超、乙肝DNA、乙肝五项、肝功能、甲胎蛋白，需注意休息，勿熬夜、劳累、饮酒等。属于很好的情况，体内自发的从大三阳转成了小三阳，需要注意休息好，无需治疗。
乙肝转阴没有很好的办法。建议检查肝功，只要肝功检查正常。但是平时一定要注意不要过于劳累，禁酒，不要吃肝损害的药物。多喝水多吃蔬菜水果。如果要吃药，但是药物不要过多，过多的药物：中药或西药都可能反而会造成肝脏损害。因为任何药物都要通过肝脏代谢。都会或多或少加重肝脏损害。肝功能正常就不需要特别治疗，肝功正常才是目的。
乙肝小三阳，肝功能正常，如果腹部彩超也是正常的，没有肝硬化或者肝纤维化，是不需要治疗，需要进行定期地复查，充分地休息好，不能熬夜、不能喝酒、不能过度的劳累，如果腹部彩超提示肝脏已经有肝纤维化或者肝硬化，那么，则需要积极地规范得抗乙肝病毒治疗。
说明肝功能有一定的损伤，需要饮食上进行调理，配合药物共同进行治疗，还要保证良好的休息和睡眠。建议应用一些保肝的药物，如肝泰乐复方甘草酸苷等进行调理治疗。同时注意一定不要喝酒，也不要熬夜，然后就要定期复查一下肝功能。
乙肝小三阳患者做抗病毒治疗，需要根据肝功能检查、乙肝病毒DNA检查和B超检查结果来判定，假如乙肝小三阳患者的检查结果是乙肝病毒DNA定量大于10的3次方拷贝/毫升，其谷丙转氨酶水平大于80单位/升时，肝脏发生炎症坏死的程度大于2度等，就是抗病毒治疗的最佳时机。
