试管婴儿的缺点一般有试管婴儿技术的本身存在缺陷，决定了这一技术的应用也是存在风险的。由于试管婴儿成功率较低，为了提高受孕成功率，大多采用一次植入多个胚胎的方法。虽然没有直接证据表明试管婴儿比普通婴儿先天，缺陷率高，或在智力发育方面有差异等。
试管婴儿以后，移植胚胎大概要2天-3天左右，但是推迟胚胎移植的时间，对体外培养的条件要求就越高，但推迟移植时间更符合妊娠生理，同时也可通过自然筛选淘汰劣质胚胎，可提高妊娠率，降低多胎率。
试管婴儿鲜胚移植成功率在40%左右，每个胚胎发育情况不同，出现的移植成功率也会有差别，不同医院的技术也有一定差异，成功率不能确定。做试管婴儿进行鲜胚移植有利也有弊，鲜胚胚胎质量比较好，胚胎移植时处于人工周期。
试管婴儿费用常规的试管婴儿，从第一次做检查到胚胎移植进去，费用总的来说在3万块钱左右，如果需要做第二代试管婴儿，即显微受精，费用大概要增加5000块钱，即35000块钱左右。
做试管婴儿成功率会高，当一个男性在做精液分析的时候，在经过离心以后，在精液当中仍然没有发现精子叫无精症。无精症分两型，一型是梗阻性无精子症，还有一型是非梗阻性无精子症。非梗阻性无精子症，往往是睾丸不会生产精子，这是真正的无精症。
试管婴儿技术是指胚胎植入前遗传学诊断和胚胎植入前遗传学筛查，针对有遗传因素的患者，对其胚胎进行活检和遗传学分析。其好处在于可将正常染色体胚胎植入母亲体内，可以很明显地提高妊娠率，有效的防止染色体异常或遗传病患儿的出生，从而达到优生优育的目的。从安全性上，该技术需取出几个胚胎细胞进行活检，对胚胎有一定的损伤其安全性仍有待考究。部分患者其胚胎无法养成囊胚，则需重复取卵周期，增加其治疗费用和治疗时间。
