试管婴儿的缺点一般有试管婴儿技术的本身存在缺陷，决定了这一技术的应用也是存在风险的。由于试管婴儿成功率较低，为了提高受孕成功率，大多采用一次植入多个胚胎的方法。虽然没有直接证据表明试管婴儿比普通婴儿先天，缺陷率高，或在智力发育方面有差异等。
三代试管婴儿的优点是通过此类技术对胚胎进行优选。如女性出现反复性流产的情况，通过PGS技术可选择正常胚胎，减少流产的可能性。夫妻存在家族性遗传病，可通过PGD技术淘汰异常胚胎，将正常胚胎移植到体内，保证获得健康的胎儿。缺点，此技术干预较多，必须从活体胚胎中取出细胞，对胚胎可造成损伤。因此，第三代的适应症控制较严格。
试管婴儿成功率比较低，而且费用较高。试管婴儿是不影响寿命的，试管婴儿并不是真正在试管里长大的婴儿，而是从卵巢内取出几个卵子，在实验室里让他们与男性的精子结合，形成胚胎，然后转移胚胎到子宫内，孩子只要降生，寿命和自然分娩的没有区别。
试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出第二代试管婴儿受精率高，但优胚率，囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿。
第三代试管婴儿的优点，选择基因或染色体皆正常的胚胎，将其移植到子宫获得妊娠，可保证胚胎及胎儿正常，不携带异常基因及其他遗传疾病。缺点需从正常胚胎中取出细胞，对胚胎可造成一定损伤。