脑磁共振可检查血管疾病，如脑缺血，脑梗塞，脑出血，血管畸形等；可检查肿瘤病变，如良性囊肿，垂体瘤，脑膜瘤；恶性，胶质瘤，脑转移瘤等；可检查头外伤，如脑挫裂伤等；可检查鼻窦占位，鼻窦炎症。
脑磁共振可检查脑缺血、脑梗死、脑出血、占位性病变等。导致头痛的原因很多。常见原因，如休息不良或紧张性头痛，也可由高血压、脑血栓形成、脑供血不足、脑血管畸形、急性感染引起的发热性疾病如感冒、肺炎等引起。此外，颈椎病也会导致头颈部疼痛。服用特殊药物和遭受创伤也可能引起头痛。
做核磁共振是可以查出来是否有垂体瘤的，脑磁共振对于诊断脑垂体瘤具有非常重要的作用，而且磁共振检查是垂体瘤影像学检查首选的方法。通常通过磁共振检查可以了解肿瘤与海绵窦、脑池、颈内动脉、第三脑室的关系。但是，脑垂体瘤如果合并库欣综合征，有25%-45%的肿瘤在磁共振上不能显示，此刻需要依据症状及相关激素检查予以辅助诊断。
预约时间大概为3天–5天。如果遇上节假日，则时间会往后延长。核磁共振的检查时间需要根据检查的部位和检查的方法来定的。核磁共振检查预约时间根据医院的病人数量而定。
脑炎需要做磁共振。
如果是脑炎，通常要进行头部MRI检查，最好是进行头部MRI检查。如果病人有如此大面积的病变，或是有炎症的肿胀，脑部核磁检查可以检查到某些不正常的地方，例如，病人是由于病毒引起的，可以在海马区找到病变。有些脑干性脑炎病人还可以在脑干上找到病变。除此之外，还要进行脑脊液和腰椎间盘的定性分析，根据脑脊液来判断是否是细菌、真菌、病毒等。
