乙肝小三阳肝功能异常，表明体内乙肝病毒对肝细胞已构成损伤，或受周围环境的影响而诱发，可以通过药物治疗、日常护理等方式进行处理。
患者需要及时就医，并且根据自身情况进行合理用药，同时还应该做好心理上的护理工作。建议病人在发现自己的疾病后，马上去正规的医院进行检查和治疗，以免耽误病情，因而错失了治疗的最佳时机。如果没有及时得到诊断的话，可以继续服用保肝药物进行治疗，同时也可以配合使用抗病毒药物进行治疗。治疗过程中必须遵医嘱，切勿自行随意停药，以免影响疗效。同时要定期复查一下肝病指标，及时进行调整。
此外，平时要注意休息和进食，可以增强身体抵抗力。
肝功能异常要及时用药控制，否则病情加重的还有可能导致肝硬化，肝腹水等疾病。平时要注意饮食清淡点，多喝水，多吃新鲜水果蔬菜，禁忌辛辣刺激的食物，忌烟酒，增强体质。定期复查肝功能。
需要及时治疗，如果吃西药，一般是6个月一疗程，大多数人要吃2到3年，也有4，5年甚至更长时间的，吃西药的缺点是，只能暂时控制病情，无法根治，而且病毒容易变异，病毒变异后就需要改用别的要继续吃。
乙肝小三阳肝功能异常的治疗尚没有特异性，主要的治疗是抗病毒治疗，恢复肝功、抗病毒、阻止肝纤维化三结合。没有一种药物可以直接杀灭乙肝病毒，而自身的免疫系统可以清除乙肝病毒。应恢复肝功能，免除肝功能持续损害，避免肝硬化的发生。
乙肝合并肝功能异常治疗可以进行保肝治疗和抗病毒治疗。肝功能异常的保肝方法有口服保肝药物疗法和静脉滴注保肝药物疗法。肝功能轻度发生异常时，可以应用口服的保肝药物，肝功能中度或者重度异常时，需要静脉滴注保肝药物。
对于乙肝小三阳肝功能出现了异常，进一步完善乙肝病毒DNA检测，如果乙肝病毒提示有复制，则需要抗病毒治疗，如果乙肝病毒DNA是正常的，可以口服一些药物进行治疗，其次，在治疗后要复查肝功能。
