不可配伍的药物：二性霉素B、青霉素类、头孢菌素类、氯霉素、红霉素、肝素钠、钙制剂、磺胺嘧啶钠和含维生素C的复合维生素B。避免与以下药物联用或相继使用：卡那霉素、新霉素、多黏菌素、巴龙霉素、链霉素、速尿、利尿酸。
克林霉素注射液与林可霉素有交叉的耐药性，因而对林可霉素过敏者禁用。可用于对一些药品过敏者。禁止与氨苄西林、苯妥英钠、巴比妥类、氨茶碱、葡萄糖酸钙，及硫酸镁配伍。肝肾功能损害者应慎用。
本品不宜和抗凝血的药，比如双香豆素，肝素，以及溶栓药同用。抗酸药，比如碳酸氢钠等可以增加本品自尿中的排泄，使血药浓度下降，也是最好不要一起使用。本品和糖皮质激素，如地塞米松等，一起服用，会增加胃肠道不良反应。
克林霉素注射液的不良反应包括肌内注射后注射部位可出现轻微疼痛，长期静脉滴注可出现静脉炎。胃肠道反应，偶见恶心、呕吐、腹痛及腹泻。同时可能出现过敏反应，少数的患者可出现皮疹、皮肤等症状。
盐酸克林霉素注射液是无色澄明的液体，适用于链球菌属、葡萄球菌属及厌氧菌所致的中重度感染，常用于吸入性肺炎、脓胸、肺脓肿、肩周炎、腹盆腔感染及败血症的治疗。克林霉素可静脉滴注或肌肉注射，成人1次0.6-0.2克，分2-4次应用，严重感染的患者，一日1.2-2.7克，分2-4次静脉滴注，四周及四周以上儿童1日15-36mg/kg，分3-4次应用，严重感染1日25-40mg/kg，分3-4次应用。
硫酸新霉素为氨基糖苷类的抗生素，口服避孕药物长期合用可导致避孕失败，并增加出血的概率。可影响洋地黄、氟尿嘧啶、甲氨蝶呤、维生素a、维生素b12的吸收，使疗效降低。硫酸新霉素不宜与其他肾毒性的药物及耳毒性药物合用。与神经肌肉阻滞药合用时，可增加神经肌肉阻滞的作用，导致骨骼肌软弱等。