硫酸新霉素为氨基糖苷类的抗生素，口服避孕药物长期合用可导致避孕失败，并增加出血的概率。可影响洋地黄、氟尿嘧啶、甲氨蝶呤、维生素a、维生素b12的吸收，使疗效降低。硫酸新霉素不宜与其他肾毒性的药物及耳毒性药物合用。与神经肌肉阻滞药合用时，可增加神经肌肉阻滞的作用，导致骨骼肌软弱等。
药物，对葡萄球菌属、变形杆菌属、棒状杆菌属等具有良好的抗菌作用，口服适用于肠道感染，肠道手术后预防感染，肝昏迷的辅助治疗，一般是局部使用，口服使用，不良反应是食欲不振、恶心、腹泻，肌无力，全身使用有显著的肾毒性、耳毒性，药物过敏的病人不能使用。因为本品毒副作用大，需要大夫指导下使用。
不可配伍的药物：二性霉素B、青霉素类、头孢菌素类、氯霉素、红霉素、肝素钠、钙制剂、磺胺嘧啶钠和含维生素C的复合维生素B。避免与以下药物联用或相继使用：卡那霉素、新霉素、多黏菌素、巴龙霉素、链霉素、速尿、利尿酸。
该药品小孩子是可以使用，但必须在医生的正确指导下使用，另外，小孩子使用该药品的用量是需要注意的，成人一般是一次2-3滴，一日4—8次，但小孩子使用，稳妥一点的办法是用量减半为好。
本品不宜和抗凝血的药，比如双香豆素，肝素，以及溶栓药同用。抗酸药，比如碳酸氢钠等可以增加本品自尿中的排泄，使血药浓度下降，也是最好不要一起使用。本品和糖皮质激素，如地塞米松等，一起服用，会增加胃肠道不良反应。
阿莫西林与氨基糖苷类药(如庆大霉素、卡那霉素)、环丙沙星、培氟沙星等药属配伍禁忌。阿莫西林是一种最常用的半合成青霉素类，属于广谱的β-内酰胺类抗生素，为一种白色粉末，所以输液的时候，有一定的配伍禁忌。