肠结核狭窄，腹痛可给予抗胆碱药或其他解痉药。伴有不完全性肠梗阻者，给予胃肠减压以减轻梗阻近端肠管的扩张与潜留。完全性肠梗阻，肠道大量出血经积极内科治疗仍未能满意止血者需要手术治疗。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
要积极配合医生治疗，首先要消除症状，强调早期治疗早期病变是可逆的改善全身症状，可以促进病灶愈合。可以采用抗结核药物治疗，同时多注意休息，可以增强自身体质或者抵抗力，多吃新鲜水果蔬菜等。
肠结核阳性尽快去传染病医院进行抗结核治疗的。感染的可能性也相对较高。仍然需要隔离治疗。肠结核为消化系统结核中最常见者。绝大多数继发于肠外结核病，特别是空洞型肺结核。
肠结核可以治疗，肠结核经过正规治疗，会将侵害身体的结核菌杀灭，不再对身体造成伤害，治疗后可能会在局部形成瘢痕。肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止肠梗阻、肠穿孔等并发症。
