不会影响的。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症囊肿。每个月，随着月经来潮出血，子宫内膜出血，在卵巢内部形成巧克力液体，每个月随着月经来潮增大，为了防止破裂必须手术剥离囊肿穿刺。但是手术也不能治疗好。只要月经正常，卵巢功能正常，就会复发。
腔镜手术治疗巧克力囊肿大多数人都是可以的，腹腔镜检查手术治疗能比较彻底的治疗巧克力囊肿，手术的效果要巧克力囊肿穿刺效果要好很多，术后第二个月就可以开始备孕，生孩子具体的手术费用因为各地的消费不同，费用的问题当地医院的主治医生。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
巧克力囊肿腹腔镜手术最佳时间并没有明确要求，需要根据患者的情况来分析。
巧克力囊肿的手术时机并不是很确定，要根据患者的具体病情来决定。卵巢巧克力囊肿最好避开经期进行手术当然，女性在月经结束后3-7日是手术比较好的时间。女性月经来潮后3-7日需要进行输卵管和子宫的检查。如果伴有卵巢朱古氏囊肿，需要进行子宫内窥镜下的子宫不育和双侧输卵管畅通的检测。
巧克力囊肿一般指的是子宫内膜异位囊肿。通常情况下，患者做完子宫内膜异位囊肿腹腔镜手术后，1-2周左右就能恢复。具体情况分析如下：
子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，由于腹腔镜是创伤小、恢复快的微创外科技术，患者做完手术后，一般恢复时间较短，一般一般1-2周左右就能恢复，可以继续工作和生活。
