手术不是很简单，巧克力囊肿一般是子宫内膜移位导致的；输卵管积液是由于输卵管炎症导致的输卵管闭塞，使输卵管内的分泌物流不出来集聚在输卵管。巧克力囊肿和输卵管积液一次麻醉两个疾病一起手术，费用根据医院的级别不同收费标准不太一样的。
需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
女性是有两个卵巢两个输卵管存在的。切除一边之后，只要另一侧卵巢和输卵管的功能正常，那么仍然是有怀孕的可能性的，只是总体来说怀孕的概率会下降一些。如果想要怀孕，一般在手术之后，要注意休养一段时间等身体状况恢复正常之后，用彩超监测卵泡发育，在输卵管正常一侧有成熟卵泡出现的时候同房，这样可以增加怀孕的概率。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
子宫内膜异位于卵巢深部，经血潴留形成的囊肿。积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，病人有月经紊乱、痛经、不孕等表现，可手术切除。异位在卵巢的子宫内膜所引起的，这种异位的子宫内膜，其组织结构与正常位置的子宫内膜相同，也可出现增生或分泌期的改变，并引起月经来潮，由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。
