肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
肾囊肿根据囊肿大小确定治疗方法，单纯性肾囊肿如果囊肿较小，是不需要任何治疗的，只需要定期的进行检查观察囊肿大小。若发现有血尿、尿频、持续性发热等典型的症状，要及时到医院检查和治疗。对于囊肿较大，出现的尿路梗阻、血管闭塞，可以用硬化疗法治疗。如果囊肿巨大，需要进行手术治疗。
肾囊肿治疗的方法有手术治疗和药物治疗。发现肾囊肿就一定要及时地到医院去进行救治。如果不及时治疗的话，是会引起肾积水或者肾癌，在治疗过程中一定要注意增加营养摄入，多饮水，避免受风、受寒等。
出现肾囊肿之后可以采取中药调理，中药调理可以帮助更好的治疗，但是不能够起到完全恢复的效果，因为出现是那种属于慢性疾病，这个阶段吃中药不能够帮助恢复，如果想要恢复，还应该到医院检查治疗，然后做手术进行改善。
艾灸不能治疗肾囊肿，药物也不能治疗肾囊肿，对于肾囊肿，发病的主要原因就是一旦扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
