囊虫病要进行头颅的CT或者是磁共振的检查，来明确大脑之内寄生虫的数量、部位，以制定合适的治疗方案。必须在住院的情况下，在严密的监测下进行杀虫治疗，除了杀虫治疗之外，还要进行对症的支持治疗。
肝包囊虫病可以看好的，目前所说的喜欢吃的料理中容易出现一些寄生虫病，特别是没有完全煮熟的生鱼片，最容易发生肝吸虫的感染，较轻的可以采用药物进行调理。比较严重的就是手术，因为容易引起胆管梗阻。
从全无症状到猝死不等。通常最主要的3个症状是癫痫发作，颅内压增高和精神症状。癫痫发作是最突出的症状，脑脊液检查多数正常，少数病例可以见细胞数和蛋白轻度增加。在颅内寄生部位主要有皮质，脑室，蛛网膜下腔或者是颅底为主。
囊虫病的防治主要是不吃生菜、生肉，饭前便后要洗手，以防误食虫卵。饮食方面要做到规律、合理，多食新鲜的水果和蔬菜，不吃生肉，饭前便后要洗手，以防误食虫卵，烹调务必将肉煮熟，肉中的囊尾蚴在54℃经5分钟即可被杀死，切生熟肉刀和砧板要分开。
任何疾病治好后，都有可能出现并发症。因此，预防非常重要。猪脑囊虫病的防治主要包括不吃莴苣和生肉，饭前饭后洗手，防止意外摄入鸡蛋。此外，猪肉在零下12到13摄氏度冷冻12小时后食用，这样可以杀死所有囊尾蚴。如果生病后需要住院。通常多吃新鲜水果和蔬菜，也可以做些运动，戒烟戒酒。中医治疗可以减少不良反应，改善局部循环，必要时中西医结合治疗。
