真菌感染不会自愈，不及时治疗可能导致病情加重，必须使用抗真菌药物治疗，可以到皮肤科检查治疗。受真菌感染时就算再痒也不能用手去抓，因为手上细菌很多抓破了会加重感染。
真菌性包皮龟头炎是导致阴茎真菌感染的主要原因。1.每天清洗两次包皮，可以使用温开水或复方黄柏液、红核妇洁洗液等中药洗剂。2.局部使用达克宁乳膏、贝雷松软膏等抗真菌药。每天清洁包皮空洞后，每天2次，均匀地涂在龟头和包皮内板上。3.在治疗过程中，尽量不要有性生活或者使用避孕套，性伙伴还应该进行霉菌性阴道炎的检查和治疗，避免反复的交叉感染。
生殖器感染者应服用抗感染药物调理。
若发生生殖系统感染，可选用诺氟沙星胶囊，左氧氟类或头孢类用药处理，还可进行药物敏感试验，结合药敏试验结果，在医师指导下，选用适当用药。治疗期间患者要注意保持清淡饮食，不要吃辛辣、刺激性食物，有利于身体的恢复。
一般来说，脸部真菌感染用硝酸咪康唑乳膏、阿莫罗芬乳膏等药有效。
脸部的真菌感染可以使用抗真菌的药物。例如：萘替芬康唑乳膏、联苯苄唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏、阿莫罗芬乳膏、酮康唑乳膏、酸舍他康唑乳膏、盐酸特比萘芬涂剂。另外，如果是真菌感染导致的肉芽肿，需要服用伊曲康唑胶囊、氟康唑片、特比萘芬片等抗真菌药物。
如果是肺部念珠菌感染,即白色念珠菌感染,可以选择氟康唑进行治疗。伏立康唑、棘白霉素类的药物对念珠菌感染也有效,但氟康唑最常用且最经济。对于由肺曲霉菌引起的肺炎，通常选用两性霉素B从小剂量开始治疗。一旦症状加重，患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
