试管婴儿的缺点一般有试管婴儿技术的本身存在缺陷，决定了这一技术的应用也是存在风险的。由于试管婴儿成功率较低，为了提高受孕成功率，大多采用一次植入多个胚胎的方法。虽然没有直接证据表明试管婴儿比普通婴儿先天，缺陷率高，或在智力发育方面有差异等。
男女双方通常需提前1-2个月进行全面检查，如男方需化验精液等，女方需行妇科检查、诊刮、腹腔镜、抗精子抗体、肝功能和乙肝两对半、血常规分析和出凝血时间及基础内分泌激素测定等。促排卵、监测卵泡。取卵、取精、胚胎体外培养并移植。如要做三代试管婴儿，还需将胚胎冷冻后，检测筛选出没有携带疾病相关性的囊胚后再进行移植。
试管婴儿费用常规的试管婴儿，从第一次做检查到胚胎移植进去，费用总的来说在3万块钱左右，如果需要做第二代试管婴儿，即显微受精，费用大概要增加5000块钱，即35000块钱左右。
试管婴儿流程男女双方的体检，女方超促排卵和男方调整精子活力，取卵，实验室的培养以及胚胎移植技术，黄体支持，因为试管婴儿必定会造成一定的黄体功能损失，所以通过补充黄体酮来进行黄体支持。
试管婴儿在大部分的方案中都是需要使用较高剂量的促排卵药物，一般目标获卵在8-15枚。短时间的大剂量药物，对身体是有负担的，可以引起短时间内的内分泌异常，这是一个有创伤的手术，也是有出血，感染，脏器损伤等可能性的发生。
试管婴儿以后，移植胚胎大概要2天-3天左右，但是推迟胚胎移植的时间，对体外培养的条件要求就越高，但推迟移植时间更符合妊娠生理，同时也可通过自然筛选淘汰劣质胚胎，可提高妊娠率，降低多胎率。
