许多具有致病力的真菌会侵犯皮肤、在毛发、指（趾）甲等浅层组织，造成浅层的真菌感染，还会侵犯到人体的组织、器官，造成深层的真菌感染。首先，要对感染的真菌进行初步的诊断，并结合病灶和医疗检查，应用真对性的抗菌药物。浅部真菌感染可以使用药膏或霜剂来治疗，效果好，副作用少，可以使用两性霉素b、制霉菌素、酮康唑、克霉唑等。深部真菌感染主要是全身用药，可以口服三唑类药物如氟康唑、伊曲康唑、咪康唑、酮康唑、棘白菌素等。
真菌感染可以有几种不同的病症，大多数是出现白色如头皮屑般的鳞屑。这些鳞屑会因使用去头皮洗发而减少，但不会完全消失。真菌感染通常伴有痕痒，偶尔头发会存有异味，同时颈后的淋巴结也会出现肿胀。真菌可引起头发脱落，过度搔爪的话可引致少量红肿、痛楚及会出现脓性分泌物的溃疡。
湿疹和过敏有关系，另外也可见于接触其他异常物质引起，真菌感染多见于皮肤出现癣等疾病，湿疹可以使用外用药膏等药物治疗，真菌感染如果是皮肤出现感染，可以使用抗真菌药物治疗。
颅内真菌感染是一种脑部损伤的症状。甚至会对身体造成威胁。
颅内真菌感染是一种非常复杂的疾病，它是发生在身体最关键的部位，对身体的威胁很大，是颅内感染的一种常见的并发症。颅内有毛发、皮肤、碎骨、碎屑等异物存在，这些都会引起颅内感染、急性脑膨出、颅内压力升高，从而造成患者的死亡。所以，应尽早进行急诊清创，封闭颅腔，将开放性损伤转化为闭合性损伤。治疗颅内感染时，应先控制全身症状，再进行病原学检查，选用对病原体最有效的药物。
女性真菌感染可能有阴道分泌物增多、瘙痒、伴有异味等症状。
如果身体抵抗力下降、使用了大量的广谱抗生素、使用激素等，这些都会导致真菌的滋生，从而导致妇科的真菌感染。容易是女性出现阴道分泌增加、瘙痒、有臭味等症状。如果是真菌性疾病，需要及时的进行治疗，做好日常护理，避免病情发展更为严重。
