通常来说，肝穿刺活检的危害有导致出血、误诊、加重疾病等。
1、出血：肝穿刺活检可能导致患者穿刺点出血、腹腔内的出血，引起肝脏损伤、肝内感染、腹腔感染。
2、误诊：肝穿刺活检可能无法明确其具体的病理，取样的组织过少可能出现误诊情况。
3、加重疾病：肝穿刺活检容易造成肿瘤破裂、转移的可能，导致肿瘤通过针道的转移。
就是在麻醉情况下，对组织进行穿刺获取少量的组织细胞进行组织学或者病理学诊断，明确肿物性质的一种操作。通过穿刺组织进行病理学以及组织学检查，明确性质，主要应用于未能确定的软组织或者骨骼的肿瘤。
穿刺活检是临床诊断癌症重要的检查手段，当CT或B超等影像检查发现肺部、腹部存在肿块怀疑恶性病变，触摸到颈部、锁骨上有可疑恶性淋巴结，或者可疑骨组织、软组织病变时，这需要通过穿刺针取出病变的组织，进行病理学检查。当病理组织发现有癌细胞时，则能够确诊为癌症，取出的组织标本还可以用于基因分型、疗效监测等，总之病理学检查是诊断癌症的金标准。
做肝穿刺市为了鉴别肝炎的临床类型。慢性肝炎的病理分类，单靠临床难以分清，但它们的预后不一样。慢性活动性肝炎和早期肝硬变的鉴别也很困难，慢性活动性肝炎经适当调治，病变是可逆转，若肝硬变出现，是难以逆转。病毒性肝炎而又无明确的实验室指标时，肝穿刺活检能提供明确的病理诊断以指导临床治疗及预后的判断。
有很多乙肝害怕进行肝穿刺检查，担心会伤害身体，肝穿刺有危险。其实，对于肝穿刺有危险的担心是多余的，肝穿刺并不可怕，在肝穿刺检查前要进行很多其他配合检查，如：血小板计数、出血时间、凝血时间等。只要这些检查都正常无误的进行，那么肝穿刺检查也是非常安全的。
