磁共振平扫，可对人体内多个脏器进行检查，但主要用于检查颅脑和脊髓的肿瘤、损伤情况、血管瘤、血管畸形等等，通过对患者的颅脑和脊髓进行核磁共振平扫，不仅可以发现肿瘤、脑梗塞、脑出血、脑脓肿等严重的疾病，还可发现血管畸形。
头颅磁共振检查没有任何副作用，它没有辐射。做磁共振检查之前，身体不能有金属植入物，如义齿、心脏起搏器和脑动脉瘤手术龈颊等。检查前不需要空腹，检查后一般大多数检查者都无明显的不适感，可正常活动，正常吃饭，不需要卧床休息，除非在检查的过程中，不能承受环境的黑暗或声音的响度，会有一点儿不适感，检查结束后需要休息，但休息后症状可自行缓解，不需要特殊处理。
头颅磁共振可以检查脑血管病、脑炎、脑肿瘤、脑外伤、脱髓鞘疾病、神经系统变性病等。头颅磁共振可以做血管成像，主要可用于颅内血管狭窄或闭塞、颅内动脉瘤、脑血管畸形的诊断。磁共振能显示人体任意断面的解剖结构，可以提供冠状位、矢状位和横位三维图像，清楚显示脑干小脑等后颅窝病变。
头颅核磁共振检查脑内的梗塞病灶、梗塞的位置。头颅磁共振能够显示头颅任意断面的解剖结构，对软组织的分辨率比较高，没有骨性的伪影，可以清楚显示脑干和后颅窝的病变。主要是用于诊断脑梗死、脑炎、脑肿瘤、颅脑先天发育畸形和颅脑外伤等。
如果是一个66岁的老年男性骑自行车的时候，造成了头部外伤，必须要做头颅ct检查，或者是做头颅核磁共振检查，主要是排除有没有颅内出血，脑挫裂伤，或者是蛛网膜下腔出血的可能，另外也能够排除颅骨骨折。
早产儿一般需要做头颅磁共振检查。
早产儿由于脑部发育不良，一般会在出生72小时以后进行头颅磁共振检查，了解其大脑的发展状况。新生儿呼吸窘迫综合症等新生儿缺氧、缺氧等，要进行头颅磁共振检查，以确定是否有脑损害。此外，对于早产儿出现严重的黄疸和有缺氧缺血性脑病的患者，需要进行头颅磁共振检查。但是核磁共振仪的噪声很大，要注意保护自己的耳朵。
