头颅磁共振可以检查脑血管病、脑炎、脑肿瘤、脑外伤、脱髓鞘疾病、神经系统变性病等。头颅磁共振可以做血管成像，主要可用于颅内血管狭窄或闭塞、颅内动脉瘤、脑血管畸形的诊断。磁共振能显示人体任意断面的解剖结构，可以提供冠状位、矢状位和横位三维图像，清楚显示脑干小脑等后颅窝病变。
头颅磁共振检查没有任何副作用，它没有辐射。做磁共振检查之前，身体不能有金属植入物，如义齿、心脏起搏器和脑动脉瘤手术龈颊等。检查前不需要空腹，检查后一般大多数检查者都无明显的不适感，可正常活动，正常吃饭，不需要卧床休息，除非在检查的过程中，不能承受环境的黑暗或声音的响度，会有一点儿不适感，检查结束后需要休息，但休息后症状可自行缓解，不需要特殊处理。
早产儿一般需要做头颅磁共振检查。
早产儿由于脑部发育不良，一般会在出生72小时以后进行头颅磁共振检查，了解其大脑的发展状况。新生儿呼吸窘迫综合症等新生儿缺氧、缺氧等，要进行头颅磁共振检查，以确定是否有脑损害。此外，对于早产儿出现严重的黄疸和有缺氧缺血性脑病的患者，需要进行头颅磁共振检查。但是核磁共振仪的噪声很大，要注意保护自己的耳朵。
头颅核磁共振检查脑内的梗塞病灶、梗塞的位置。头颅磁共振能够显示头颅任意断面的解剖结构，对软组织的分辨率比较高，没有骨性的伪影，可以清楚显示脑干和后颅窝的病变。主要是用于诊断脑梗死、脑炎、脑肿瘤、颅脑先天发育畸形和颅脑外伤等。
核磁共振是诊断脑部神经比较有效的辅助检查法子，病人可以配合医生的治疗诊断拍一个核磁生活护理，费用是1千-3千元，头痛的病理因素很多，如血管性头痛、神经性头痛、偏头痛、紧张性头痛或局部五官科疾病。
单纯的核磁共振检查是不能查出脑供血不足的，检查脑供血不足应该进行脑动脉造影检查。有可能是脑动脉供血不足造成的，也有可能是神经衰弱的表现，患者应该及时到正规的公立医院进行检查和治疗，要多吃蔬菜和水果，避免烟酒刺激。