多数肠结核病人有结核中毒症状；而克罗恩病病人多有口腔溃疡、肛周病变、关节痛等肠外表现。内镜下肠结核的特点是环形的溃疡，溃疡周围黏膜呈鼠咬状；而克罗恩病的特征表现为纵型溃疡、黏膜铺路石样的改变。肠结核比克罗恩病的回盲瓣更容易受累，大肠结核受累的回盲瓣变形，开口多固定；而克罗恩病受累的回盲瓣常变形，开口多闭塞。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
腹痛，因病变常累及回盲部，故疼痛最常见于右下腹，触诊时可发现局限性压痛点，增生性肠结核并发肠梗阻时，腹痛主要为绞痛，并伴有肠梗阻的相应症状。腹泻与便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要症状之一。
肠结核红细胞沉降率不是特别严重，主要是为了避免感染。到医院找相关医生进行症状治疗，做电子肠镜检查或胸部X光检查。一般由隐痛、腹泻、便秘、盗汗、疲劳等引起。通常必须去看一位老医生，写一份保守治疗的清单。
肠结核可以治疗，肠结核经过正规治疗，会将侵害身体的结核菌杀灭，不再对身体造成伤害，治疗后可能会在局部形成瘢痕。肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止肠梗阻、肠穿孔等并发症。
