多数肠结核病人有结核中毒症状；而克罗恩病病人多有口腔溃疡、肛周病变、关节痛等肠外表现。内镜下肠结核的特点是环形的溃疡，溃疡周围黏膜呈鼠咬状；而克罗恩病的特征表现为纵型溃疡、黏膜铺路石样的改变。肠结核比克罗恩病的回盲瓣更容易受累，大肠结核受累的回盲瓣变形，开口多固定；而克罗恩病受累的回盲瓣常变形，开口多闭塞。
克罗恩肠炎一般可以进行药物治疗。
对于无合并症的克罗恩病患者，其治疗的方针是：全面的支持疗法和减轻相关的临床表现，在运动期间要卧床，给予高营养、低渣食物、停止进食、改善电解质、电解液、静脉高营养支持、贫血，需要服用维生素，b12，叶酸，铁元素，以及低蛋白血症，可以通过注射蛋白质或血浆来抑制肠道炎症，比如甲硝唑，水杨酸柳氮磺吡酯等。一旦有什么并发症，比如肠道阻塞，肠穿孔，甚至是脓疡，都需要做外科治疗。
克罗恩病应当采取以下措施确诊。
第一，患者腹痛、腹内包块出现在回盲区，如果是在高位结肠，则要高度重视。此时需要做一次肠镜，有机会在回盲处出现糜烂、溃疡、炎症等症状。
第二，要确诊，必须要做病理学的诊断。肉芽肿分为两种，一种是乳酪样肉芽肿，另一种就是乳酪样肉芽肿。若发现无乳酪状的肉芽肿，则称为克罗恩氏症。肠道结核属于干酪状肉芽肿。所以在病理学上要认真鉴别。
日常生活中，应当注意多饮水，多食用蔬菜和水果，饮食中适当增加纤维素。
会导致肠结核，如果现在症状都消失，明显好转，可以停药，平时多参加锻炼，主要是要保持生活规律，饮食定时定量，要吃易消化的食物，进食不易过饱，忌生冷与刺激性食物等。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
有关克罗恩病的检测主要有：
1、内镜：胃镜、肠镜、胶囊内镜、小肠镜等，胃镜、肠镜等是临床上最常见的。上消化道、大肠或回肠末端的炎症病变，通常采用内窥镜检查，当肿瘤侵犯到小肠时，通常采用内窥镜或小肠镜检查。
2、影像学：如CT、小肠CT等，可以发现克罗恩氏症的累及位置，并作出重要的鉴别诊断。
3、常规检查：包括抽血、排便等。
