肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
肠结核一般起病较缓，且早期症状不明显。肠结核的临床表现分为两大类。一是全身症状有潮热，盗汗，发热，乏力，营养不良，消瘦等。还有消化道症状腹痛，腹泻，便秘，大便带血等。
肠结核是由结核分枝杆菌，引起的肠道慢性特异性感染，是一种常见的结核病。当然，近几十年来发病率已明显减少，肠结核主要是由人型结核分枝杆菌引起，通常引起肠道病变，主要是经口感染，患者多有开放性肺结核或者喉结核，因经常吞下含结核分枝杆菌的痰液而引起疾病，经常和开放性肺结核病人密切接触，也可以被感染结核分枝杆菌进入肠道后，多在回盲部引起结核病变。
肠结核有可能咳嗽，但是肠结核主要的症状是腹痛，排便异常，全身表现可以有结核毒血症引起的表现，如不同热型的慢性发热，盗汗，倦怠，消瘦，贫血，营养不良等，可同时存在肠外结核。
肠结核是肠道的传染性疾病，肠结核是可以发生传染的。肠结核的消化道排泄物，如果没有得到及时、正确的处理，往往可以污染周围环境，并间接污染到食物，造成粪口传播的可能。
腹痛，因病变常累及回盲部，故疼痛最常见于右下腹，触诊时可发现局限性压痛点，增生性肠结核并发肠梗阻时，腹痛主要为绞痛，并伴有肠梗阻的相应症状。腹泻与便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要症状之一。