出现染色体异常时，只能单纯地治疗染色体所引起的异常症状，不能针对染色体异常进行治疗，目前在全世界范围以内都没有治疗染色体异常的方法。目前比较新兴的基因编辑，仍然只是处于实验室研究以及动物操作阶段，离人体应用很远。出现染色体异常时只能针对症状进行治疗，无法针对染色体异常的病因进行治疗。
主要疗法有脑异电全息治疗、物理治疗、迷走神经刺激术、心理认知功能训练、生酮饮食治疗、西药治疗、中药治疗和手术治疗等。多吃富有营养、易于消化的食物，如面食、豆类、瘦肉、鸡蛋、鱼、牛奶等，尤其应多食用豆类、新鲜蔬菜、水果、乳制品。
一般情况下，酒精中毒精神障碍在临床上较为常见，可以给小剂量抗精神病药物氯丙嗪和氟哌啶醇，对于伴焦虑，紧张和失眠症状者可以给苯二氮卓类药物氯硝西泮，劳拉西泮和阿普唑仑，对于情绪抑郁患者可以给抗抑郁药物五羟色胺再摄取抑制剂氟西汀、帕罗西汀、舍曲林和西酞普兰。对于抗精神病药物利培酮和喹硫平不应该过多使用，如果药物用量过少使用，则可以给抗精神病药物利培酮和喹硫平联合用药。
染色体异常属于先天发育畸形，这种疾病是不能治疗的，如果夫妇双方，染色体异常的情况下，有可能导致胎儿畸形，一般在孕早期发生流产或胚胎停育。如果是男方染色体遗传的情况下，可以做人工授精，如果女方异常的情况下可以做试管婴儿。备孕前三个月开始口服叶酸片，预防胎儿心血管畸形。
甲状腺功能异常伴精神障碍表现，起病时间相对较慢，少数起病于较重外伤时、精神刺激及感染时起病剧烈，使人体多汗、心律不齐、胸闷气短、月经减少等，甚至闭经，血压增高等表现，患了这种病的患者，要进行心理抚慰，主要是心理治疗，需要有耐心地做疏导和鼓励工作，对该病进行健康教育，使病者主动配合诊治。
此外，可以通过听音乐、散步等方式辅助治疗。
女性性功能异常会导致精神疾病的主要症状有：情绪不稳定，焦虑，烦躁，易激动，容易吵架，情绪低落，情绪低沉，沉默寡言，不愿意运动，不爱说话，对朋友不闻不问，慵懒、嗜睡、注意力不集中、健忘、判断困难等，偶尔会出现精神恍惚，在月经前有过犯罪。身体的症状有：头疼、疲倦、乳头和小腹疼痛、恶心、便秘、呕吐、腹胀、全身疼痛、浮肿、性欲旺盛、食欲减退等。月经期间的精神疾病主要有：情感紊乱，以抑郁、紧张、焦躁、忧郁为多见，激动、易冲动、攻击性伤害、无意识障碍。
