巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。
现在临床针对此种疾病，多采取治疗，即直接手术治疗。根据目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。到正规医院系统治疗。
饮食上多增加营养，经期不吃凉食物。巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的。属于良性病变，可以遵医嘱口服止痛药物治疗。腹部要保暖，定期去医院复查，经期不要过性生活。如果还不好，可以去正规医院手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物治疗会使巧囊的体积有所缩小；在饮食方面要注意尽可能的平淡一些，远离刺激性大的食物。不吃蟹、虾、羊肉、咸鱼、鳗鱼等食物。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。药物治疗可能会使巧囊的体积有所缩小，但消除巧囊的比较困难。如果药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能仍未恢复者或巧囊直径大于5—6厘米，特别是希望生育者，可以经过腹腔镜手术剔除。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，巧克力囊肿时会影响卵巢的排卵，导致卵巢的功能破坏，不排卵导致不孕。同时：子宫内膜症还有可能发生盆腔内，输卵管，子宫。卵巢的粘连，导致盆腔内的大部分器官完全粘连。
