现在临床针对此种疾病，多采取治疗，即直接手术治疗。根据目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。到正规医院系统治疗。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
卵巢巧克力囊肿破裂后一定要及时进行治疗，一般有手术治疗和药物治疗。如果置之不理可产生严重影响，可影响月经或者生育。平时作息时间要规律，饮食上要注意清淡，不要吃辛辣刺激行的食物，注意外阴部位的卫生，勤换洗内裤，平时多注意休息。
卵巢巧克力囊肿是对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失，而对于较大的则以手术治疗为先，做输卵管和卵巢功能以及B超的检查，明确不孕病因后治疗。手术后至少半年再怀孕。
要手术治疗，做腹腔镜手术将囊肿切除。有卵巢巧克力囊肿容易影响到卵巢的功能，影响月经，也可能会出现小腹疼痛的症状，这种肿瘤大多是一种良性肿瘤，但是很有可能会出现恶变，保持乐观，注意休息。
对于出现这种病情的病人。要根据病人的具体病情以及相关的检查结果来选择进行微创手术治疗，也可以选择进行手术治疗，如果囊肿比较小，可以选择手术治疗，可以选择腹腔镜或者是开腹卵巢巧克力囊肿剥除术，手术之后还是需要使用西药进行巩固。第三，可以选择彩超引导下的穿刺手术。