对于双肾萎缩的患者，如果肾脏萎缩，而且肾功能所剩无几，这时候只能保守治疗，给予排毒，控制血压等药物口服。如果双肾萎缩，肾功能还残存不少，就需要积极的寻找原因，从病因上进行处理。肾脏萎缩提示患者患有慢性的肾脏疾病，而且病程已经非常长，这时候就需要评估肾脏功能还有多少。
双肾萎缩是不能治好的，但是可以缓解，也可以长期维持基本功能，像正常人一样生活，直到老死。平时避免受凉劳累，调节情绪，疏导心理压力，规律起居饮食，积极适当运动，少吃辛辣刺激，多喝温热蔬菜汤。
对于肾萎缩的治疗，应以微化中药渗透治疗为主，西医对症治疗为辅。阻断肾脏纤维化，促进受损组织细胞修复及再生。肾脏萎缩是体积缩小相应肾功能减退，主要是由于慢性肾脏疾病导致肾小球受损。
已经缩小的部分是不能恢复的，治疗病因来延缓肾萎缩，常见的原因是慢性肾小球肾炎，早期的慢性肾小球肾炎，往往需要使用激素或者是激素联合免疫抑制剂治疗。如果是糖尿病肾病，需要控制血糖。如果是高血压肾病，需要控制血压。如果是泌尿系统结石引起的问题，需要可能需要手术祛除结石。
双肾囊肿没有症状不需要治疗，如果说囊肿超过一定长度，比如五厘米，这样的话应该进行的相应的治疗的，垃圾食物少吃，多吃绿叶蔬菜为主，可以配合中药汤剂调理一段时间。可以减少该病产生的疼痛。
