支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。
支气管镜检查时间与检查医生以及患者本身需要进行的检查项目有关。如果仅进行一般检查，检查气道内的问题，如咳嗽查因，则可能很快就可以检查完毕，一般5分钟以内。这不包括术前麻醉过程。如果患者需要做活检、灌洗，可能时间会相对延长，约15-20分钟左右。如果患者病情更复杂，可能是气道狭窄，需放支架，则需要0.5-1个小时左右。具体检查时间需要根据实际情况而定。
支气管镜检查肺结核有很多种方法，支气管镜下灌洗检查，对检查部位的支气管进行灌洗，灌洗液或气管内分泌物去做结核分枝杆菌实验。或者是支气管镜下取活检，主要用于支气管内膜结核，特别是有肉芽增生和淋巴管漏者，也是鉴别肿瘤的常用检查。
支气管镜检查后会咯血，若量较少，多数属于正常现象。主要由于在进行支气管镜检查过程中，会引起鼻腔、支气管黏膜损伤，出现少量咯血。再者，在此项检查过程中，若有异物存在，活检时也会出现支气管咯血。需要注意的是，若咯血量在可控范围内，不用特殊处理；但是若咯血量较大时，则要引起高度重视，要及时查找原因进行处理，避免出现窒息，危及患者生命。
支气管镜检查的时间根据检查的难度和目的而定：
1、诊断方面：如普通的检查，气管镜没有发现肺部有明显的病变，约5-10分钟即可完成支气管镜检查。如发现肺部有肿块，需要取活检，约10-20分钟可以完成；
2、治疗方面：如肿块切除，一般0.5-1小时可以完成。如结核的冷冻治疗或者支架植入治疗，约1小时内可以完成。
