两边太阳穴痛的原因有很多，长时间的集中注意力，或者过度用脑导致大脑疲劳，神经处于紧绷的状态，人也处在高度的压力之下，会导致大脑不堪重负，脑神经也受到了严重刺激，从而导致两边太阳穴痛的现象。也不排除脑部产生了病变像脑血管堵塞、脑动脉硬化等情况，做一个脑部的CT来检查。
左侧太阳穴痛有可能是左侧颅内器质性病变所引起，也可见于左侧颅外器质性病变。如果患者有偏头痛，也可能会出现症状。偏头痛是一种原发性头痛疾病，可发生于任何年龄，患者确切的病因尚不明确。主要表现为反复发作的一侧搏动性的头痛，可以出现一侧眼眶、眶周，也可能会出现太阳穴部疼痛。多数患者疼痛为波动性，同时可以伴有恶心呕吐。
突然两边太阳穴痛，多考虑是偏头痛。常见的诱因包括天气变化、焦虑、抑郁，有些病人可能是由于痛哭和睡眠障碍而诱使发病。也可以由某些食物而诱发，常见的食物包括熏制品和腌制品。一部分病人也可能是由于吃某些水果而诱使发病，常见的水果包括橘子、橙子和柚子等。
突然两边太阳穴痛是原发性神经血管性头痛所引起的，多发生于青壮年，可以突然出现头痛，多数为一侧，也可以出现两侧，大多数头痛为搏动性，同时可以伴有恶心、呕吐头痛发作时一般有诱因，常见的诱因包括天气变化、焦虑、抑郁。
可以每天对太阳穴进行热敷和按摩，这样有助于缓解由于头部受凉或者压力太大引起的太阳穴疼。也可以服用一些调理神经的药物。如果是由于感冒或者发烧引起的太阳穴疼，可以口服感冒药。
