新生儿乙肝疫苗接种后会出现瘙痒、红肿或伴有轻度疼痛、小硬结，这是局部皮肤反应，全身反应，可以出现发热，多数为低热，也有少数出现高热，通常一天内消退。还有的出现疲劳感。
卡介苗和乙肝疫苗可以一起打。
卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗。卡介苗可与乙肝疫苗同时接种，不影响彼此效果，并能改善乙肝表面抗原阳性，但应分别向左，右两侧臂进行接种。接种24小时之内切忌沐浴，注意观察皮肤的表面状况及接种后的进食和排便情况、睡着了等，如果不舒服，要与接种机构取得联系，及时咨询医生。
新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
新生婴儿在出生之后，就要立即的接种乙肝疫苗，同时也要注射乙肝免疫球蛋白，接种第二针，六个月左右，需要接种第三针。在接种疫苗的期间，不要出现感冒、发烧的症状，很容易影响接种的药效。
打乙肝疫苗不能够喝酒。注射乙肝疫苗，最忌讳的是发热不可以、过敏体质不可以、妊娠期不可以以及已经感染乙肝病毒的病人也不可以。喝酒可以增强身体的敏感性，也就是可以通过喝酒的方式，人为使自己变成敏感体质。
新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
