乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
麻风疫苗和乙脑疫苗可以一起打，但一般不提倡一起打。麻风疫苗主要是为了预防麻疹和风疹，乙脑疫苗主要是为了预防流行性乙型脑炎。不提倡一起打是因为患儿在接种疫苗后，有时会出现不良反应和过敏反应。临床常见的有接种部位局部红肿、硬结、发热、腹痛、食欲不振等。若患儿同时接种两种疫苗可能会加重不适症状。
麻风疫苗和乙脑疫苗不宜一起接种，因为两种疫苗接种后都会存在一定的不良反应，如果同时接种，那么可能不良反应的症状会加重，由此会给身体健康带来危害，不但影响各自疫苗的实际效果，也会让儿童难以承受。
癫痫不可以接种乙脑、流脑、白破这类的疫苗。癫痫是大脑皮层异常放电所致的临床综合征，其临床表现特点为发作性、短暂性、重复性和刻板性。癫痫是神经系统的常见疾病，癫痫不是一个独立的疾病，而是一组疾病或综合征。
乙脑疫苗包括乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，两种疫苗的接种时间是有区别的。首先是乙脑灭活疫苗是国家规定基础免疫共注射两针，出生后满6个月的婴儿，开始接种第一针，7到10天后接种第二针，一岁半到两岁左右，以及四岁的时候，各加强一针，六岁的时候再加强一针。其次是乙脑减毒活疫苗是1岁的时候接种第一针，2岁时加强免疫一针，7岁时再加强免疫一针。
国疫苗类的制剂都是生物制剂，所以注射后是会出现发烧、过敏等副作用的，宝宝的体温超过三十八度五口服药物控制体温，但如果持续时间长或口服退烧药物无法控制体温，再去检查。
