许多具有致病力的真菌会侵犯皮肤、在毛发、指（趾）甲等浅层组织，造成浅层的真菌感染，还会侵犯到人体的组织、器官，造成深层的真菌感染。首先，要对感染的真菌进行初步的诊断，并结合病灶和医疗检查，应用真对性的抗菌药物。浅部真菌感染可以使用药膏或霜剂来治疗，效果好，副作用少，可以使用两性霉素b、制霉菌素、酮康唑、克霉唑等。深部真菌感染主要是全身用药，可以口服三唑类药物如氟康唑、伊曲康唑、咪康唑、酮康唑、棘白菌素等。
真菌感染需要到医院的皮肤科进行检查以及治疗的，真菌感染是属于皮肤问题，要是明确有真菌感染，这时可以采取抗真菌药物进行治疗，在治疗期间尽量避免跟病人有密切接触，以免引起交叉感染。
脚上伤口真菌感染应该涂抹消炎抗病毒的药物来进行治疗，避免造成严重的危害。平时要注意局部的卫生干净，避免感染，饮食方面要注意清淡卫生，避免伤口被碰到。这期间伤口不可以碰到水，定期复查。
小孩脚真菌感染要注意保持脚的清洁干燥，汗脚要治疗。勤换鞋袜，尤其袜子要烫洗暴晒。趾缝紧密的人可用草纸夹在中间，以吸水通气。鞋子要通气良好.不要用别人的拖鞋、浴巾、擦布等。
湿疹和过敏有关系，另外也可见于接触其他异常物质引起，真菌感染多见于皮肤出现癣等疾病，湿疹可以使用外用药膏等药物治疗，真菌感染如果是皮肤出现感染，可以使用抗真菌药物治疗。
颅内真菌感染是一种脑部损伤的症状。甚至会对身体造成威胁。
颅内真菌感染是一种非常复杂的疾病，它是发生在身体最关键的部位，对身体的威胁很大，是颅内感染的一种常见的并发症。颅内有毛发、皮肤、碎骨、碎屑等异物存在，这些都会引起颅内感染、急性脑膨出、颅内压力升高，从而造成患者的死亡。所以，应尽早进行急诊清创，封闭颅腔，将开放性损伤转化为闭合性损伤。治疗颅内感染时，应先控制全身症状，再进行病原学检查，选用对病原体最有效的药物。
