巧克力囊肿表现主要为痛经，性交疼痛，不孕症等。当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加等长到一定大小，会自发破裂。还有很多是有尿频和排尿困难，有频繁出血的现象。
一、内分泌因素：是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。二、生理原因：由于内膜在女性卵巢生长，在生理期时内膜并不随着离开，而是在卵巢位置淤积，使卵巢位置出现囊肿。三、分娩、多次流产等：巧克力囊肿是由于月经期子宫内膜碎片引流不畅导致的，影响月经血从阴道流出，包括多次人工流产后子宫颈口粘连、月经期性交等，都会促发巧克力囊肿。
痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。还有不孕及月经失调。
卵巢内的经血越积多，会形成囊包，外观呈巧克力糊状，是形成卵巢巧克力囊肿的原因。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发进行破裂，再经前期性生活，粗暴或剧烈时会导致囊肿破裂。
女性有卵巢巧克力囊肿主要症状有性交疼痛，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的情况，其次有痛经的情况，80%的卵巢巧克力囊肿的人会有痛经的表现。
巧克力囊肿破裂要进行手术。巧克力囊肿破裂会引起剧烈的下腹部疼痛。应去医院急诊就诊，然后行腹腔镜微创手术，或者直接行开腹手术，将破裂的巧囊切除，而且还要将盆腔内的巧囊液完全清洗干净。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位导致，如果不及时清理干净，就会导致内膜在腹腔各处异位生长。
