如果处于肝炎活动期，应该进行积极的治疗，经过抗病毒、保肝、护肝等综合性的治疗，肝功能可以转为正常，病毒转为阴性。目前对于抗病毒治疗的应用，可以很简单的使病毒转为阴性。
乙肝小三阳转阴分为治疗转阴和自然转阴。治疗过程中应评估病人的病情。如果肝功正常，病毒复制能力低，不要用药，随着机体抵抗力的增加和年龄的增长，小大部分病人可自己转阴。若处于乙型肝炎的活跃时期，需要积极治疗，主要是相关药物治疗，抗病毒、护肝保肝，在日常生活中，要注意休息，加强营养的摄入，多运动，增强自身抵抗力。
乙肝小三阳的转阴主要指的是乙肝病毒定量的转阴。乙肝小三阳病情的进展，发生肝硬化、肝癌的危险因素，主要来自于乙肝病毒的复制。所以乙肝小三阳的转阴，首先应该将病毒定量转为阴性，可以选择口服药物，可以在短期内将病毒转阴，肝功能恢复到正常。
平时的时候可以自己通过免疫功能，可以自然地转为阴性。可以不用任何的药治疗，只依靠机体自身的免疫功能，使乙肝小三阳自然转为阴性。乙肝小三阳自然转为阴性不是好事。
大部分的乙肝小三阳病人都难以转阴，只有一小部分可以转阴。
乙肝小三阳是乙肝表面抗原阳性、乙肝E抗体阳性、乙肝核心抗体阳性，是乙肝病毒的免疫学指标。乙肝小三阳患者的病情很难转阴，这是由于乙肝病毒感染后，人体会长时间携带病毒，如果不及时治疗，几乎不会出现转阴。
建议患者选择适合自己的方式治疗，定期复查。
所谓乙肝小三阳自然转阴，就是指不使用任何药物治疗，依靠感染者自身的免疫功能将乙肝小三阳转阴。不管是乙肝小三阳还是乙肝大三阳转阴的机率都是很小的。当然自然转阴也有可能。不过这样的状况很少见。