如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。当大于六厘米就需要考虑手术来治疗了。没有达到手术指征的时候，可以通过中医的方法进行治疗。
对于巧克力囊肿，治疗方法分为保守治疗和手术治疗，如果没有任何不舒服，可以定期复查。如果伴有疼痛，反复出血，可能就需要手术治疗。注意休息，合理饮食，保持愉快心情，注意外阴清洁卫生干燥，少吃辛辣食物，定期随访观察。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
巧克力囊肿腹腔镜手术最佳时间并没有明确要求，需要根据患者的情况来分析。
巧克力囊肿的手术时机并不是很确定，要根据患者的具体病情来决定。卵巢巧克力囊肿最好避开经期进行手术当然，女性在月经结束后3-7日是手术比较好的时间。女性月经来潮后3-7日需要进行输卵管和子宫的检查。如果伴有卵巢朱古氏囊肿，需要进行子宫内窥镜下的子宫不育和双侧输卵管畅通的检测。
