进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
可以做彩超检查，配合做尿常规检查，如果出现了急性膀胱炎，可能会出现尿急尿频。并且需要防止膀胱炎，导致出现上行性感染，反复发热比较容易出现肾炎的情况。平时多注意休息。
尿常规的检查时间，大多数选取清晨的第一泡尿，就是晨尿。选取是中段尿，排尿至一半时，再接取标本。排尿量要足一般在300ml以上，感到尿意明显时再接尿。留尿标本要在10ml以上。不建议患者从家中带来标本检查，主要是容器不能保证清洁，而且尿液存放时间长会产生一些化学反应，影响检查结果。女性在月经期间最好不要进行尿常规的检查。
血糖通常都是采指尖血的，也可以抽静脉血，用血糖仪就可以验出来，也可以通过血常规检测。血糖值作为诊断糖尿病的唯一标准，通常验空腹血糖和餐后两小时的血糖。如果空腹血糖大于7.0毫摩尔每升，餐后两小时或者是任意时间血糖值大于11.1毫摩尔每升就可以诊断为糖尿病。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
