非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
首先需要多饮水，多排尿，对泌尿系统起到一个冲洗作用，要到专业的科室检查，分泌物，做细菌培养，加药敏试验，这样才能有针对性的用药，这期间避免有性接触。多考虑尿道的炎症反应才会出现，非淋菌性尿道炎属于一种性传播疾病。
非淋菌性尿道炎症可以通过中药治疗。非淋菌性尿道炎是指由淋菌以外的其他病原体，主要是沙眼衣原体和支原体等引起的一种性传播疾病。主要采用药物治疗。中药治疗以清热解毒，利湿通淋为主。
非淋菌性尿道炎可以有好的治疗的。目前，非淋菌性尿道炎的治疗方法很多。非淋菌性尿道炎的治疗周期因疾病不同、药物不同而不同。因此病人必须听从医生。治疗方案不得盲目治疗，造成不可逆转的后果。要积极配合当地正规医疗单位的治疗，就要多注意患者的日常生活、饮食、工作和休息习惯。患者应该多喝水，多小便，多吃清淡的饮食。
自觉尿道口刺痒、有烧灼感，尿道口红肿充血、尿频、尿急、有时有轻度排尿困难，如在较长时间不排尿，或晨起时尿道口有水样或稀薄粘液流出。有时尿道口有一层痂皮似的薄膜“封口”，或者内裤上有污秽物，有些病人无尿道分泌物或者分泌量很少，需用力挤压阴茎才有分泌物从尿道口溢出。以上是导致非淋菌性尿道炎的原因。
