要积极配合医生治疗，首先要消除症状，强调早期治疗早期病变是可逆的改善全身症状，可以促进病灶愈合。可以采用抗结核药物治疗，同时多注意休息，可以增强自身体质或者抵抗力，多吃新鲜水果蔬菜等。
肠结核狭窄，腹痛可给予抗胆碱药或其他解痉药。伴有不完全性肠梗阻者，给予胃肠减压以减轻梗阻近端肠管的扩张与潜留。完全性肠梗阻，肠道大量出血经积极内科治疗仍未能满意止血者需要手术治疗。
肠结核阳性尽快去传染病医院进行抗结核治疗的。感染的可能性也相对较高。仍然需要隔离治疗。肠结核为消化系统结核中最常见者。绝大多数继发于肠外结核病，特别是空洞型肺结核。
肠结核的复查检查需要做肠镜，但是做肠镜要看病人的身体状况，有些身体情况不宜做肠镜，尤其是在肠结核疾病治好后，很容易发生肠粘连或者倡导狭窄，不是特别适合再做肠镜，否则容易产生损伤，加重肠粘连，可以做CT检查。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
肠结核是结核病的一个种类，所以有结核的前期性的症状，主要表现为长期的慢性发热，伴有盗汗，经常感到疲倦、消瘦、贫血、营养不良，同时因为肠结核经常是继发于肠外结核，所以也有肠外结核的表现，如肺结核的咳嗽、咳血等。
