可以微化中药渗透治疗，进入肾脏的有效成份对囊肿上皮细胞进行灭活，使其丧失分泌活性，囊内液不再继续分泌，囊肿就会停止在这现有阶段不再长大。要通过药物增加囊肿表面血液循环的通透性，回吸收囊内液，通过人体的代谢最终从尿液中排出体外。这是在从根本上治疗囊肿，一般不会复发。
孕妇出现肾囊肿是不太严重的一种病症。但是建议密切观察。
肾囊肿，顾名思义，就是肾实质的一种囊性病变，通常为良性病变，若肾囊肿的体积很小，只要经常复查。若患者出现血尿、蛋白尿等肾功能损害时，就应该到医院就诊。孕妇若出现肾囊肿，无明显症状，可暂时不需要办理，甚至更大，亦可于投产后处理。建议定期进行产前检查，明确胎儿和孕妇的身体状态。
肾囊肿通常海绵肾无需进行治疗，多囊肾会演变为尿毒症，无较好的治疗方法。如果出现多发囊肿或普通囊肿，在排除肾癌的前提下，如果囊肿超过5cm，可以进行手术治疗，比如使用腹腔镜进行治疗，不会复发，预后较好，如果囊肿小于5cm，做手术可能会导致出血，不进行手术治疗。
单纯性肾囊肿是囊肿性肾病中常见的一种肾脏的良性病变。单纯性肾囊肿是最常见的肾脏囊性疾病之一，通常多为单侧单发，罕见单侧多发，双侧出现者罕见，此病多发生于成年人。由于其临床症状和体征不典型或缺乏特异性而容易误诊为肾肿瘤或其它疾病，延误诊断与治疗。一般无临床症状，偶尔出现血尿、腹痛等。单纯性肾囊肿可造成泌尿系统损害，但通常不影响肾功能。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
