通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
卵巢附件区的囊肿，如果是在5厘米以内可以暂时观察，可以在2次月经干净以后再重新复查。因为很多卵巢囊肿是功能性的，也就是有可能是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般2个月以后就会消失。如果观察2个月，囊肿继续增大或者没有消失，就是卵巢肿瘤，需要做手术。一定不要做剧烈活动，因为卵巢囊肿容易出现扭转。一旦出现扭转，必须要急诊做手术，会出现剧烈的腹痛，时间长了会引起卵巢的坏死，影响卵巢的功能。
孕期发现卵巢囊肿可以用消炎药来进行治疗。
如果症状不是很严重，可以先不用治疗。但如果出现腹痛的情况，可以应用消炎药，比如头孢一类，青霉素一类，这是孕期相对安全的药物，用药之后，如果症状逐渐缓解消失，那就定期观察。孕期如若出现良性囊肿合并出血、蒂扭转、破裂或怀疑为恶性，不论在妊娠的任何时期都应积极进行手术治疗，以免延误病情。
卵巢囊肿是生理性的囊肿，一般都是生理性的，一般都是生理性的，不会对胎儿的发育造成任何的影响，一般不需要特别的处理，定期复查，如果囊肿的直径超过5cm，可以在妊娠的中期进行手术。平时要多喝热水，多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性的食物，做好孕期的各项检查，保证充足的睡眠，并且保持良好的情绪。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
