一般情况下，治疗肝内钙化灶疾病的方式有以下几种。
1、药物治疗：如果肝内钙化灶患者，出现腹痛、发热、肝区疼痛等症状，应及时到医院就医，并在医生的指导下服用双氯芬酸、阿莫西林等药物进行治疗。
2、手术治疗：如果肝内钙化灶是因结石、肿瘤等原因引起，可能需要通过结石手术、或是肿瘤切除术来进行治疗。
建议患者及时到医院就医，不要拖延病情，以防诱发其他疾病。
肝内钙化灶在肝脏影像学改变中较为常见，亦为较常见肝脏病变之一，通常不是肝炎。
在肝内外胆管系统中发生的结石或狭窄都可以形成肝内钙化灶，但并没有明确区分两者。肝内钙化灶稳定，多数提示过去对肝脏有损害，或具有某些特殊肝脏疾病史。如果在临床上出现了肝功能损害或其他肝实质变化时，都应考虑到肝内钙化病灶的存在，因为这些情况可以导致诊断错误。肝内钙化灶通常无需特别治疗，亦非肝炎之表现。
如果是在颞叶区发生了钙化，那么钙化的主要病因有结节纤维化、节细胞胶质瘤、肿瘤、血管瘤等。钙化结合肿瘤对周边组织的影响会导致癫痫病的发生。没有发生癫痫病的脑部钙化，不会造成其它威胁到性命的疾病，如恶性肿瘤，通常不需要特别治疗，但也有诱发癫痫病的危险。如果有钙化性病变导致的癫痫病，需要外科手术进行消除。
建议患者保持良好的心态，同时前往医院就诊检查，以免耽误病情。
宫内膜钙化灶往往发生于子宫肌瘤透明变性、坏死之后。由于肌瘤的血液循环障碍，钙盐被其组织成分以及其它变性物质所吸收沉积，形成“营养不良性钙化”。另外，很多女性朋友进行人工流产或药物流产不干净，或者生产后的残留物质坏死后的遗留物形成钙点。
前列腺增生钙化灶是由于前列腺炎所致，患者可以通过以下方式进行治疗：
前列腺增生钙化灶病情较重时可导致不孕及性机能下降。在前列腺周围有一层厚厚的脂肪层，这是一种药物的阻隔，使得药物难以进入患者体内。要做到早期发现、及早、充分、合理地进行治疗，根据患者的情况采取相应的治疗措施，配合性伙伴进行相应的处理。可以通过物理疗法和药物疗法来解决，通过物理手段冲破前列腺脂蛋白包膜，促进药物的渗入。
前列腺的药物治疗要按照疗程来进行，避免耽误病情。平时要避免食用辛辣刺激的食品。
肝脏的钙化是指肝脏中的某种疾病已经稳定和恢复后的一种病理学变化。由于病灶数量很少，对人体没有任何不良的作用，所以要排除肝内胆管结石等肝内病变，如果确诊为肝内钙化灶，则无需进行治疗的，定期复查即可。
但是，如果确诊为肝内胆管结石，而不是肝内肝化灶，则要进行治疗，尤其是单纯的肝内肝化灶，在处理肝胆管结石的时候，要进行病变的手术。要区别于肝内胆道，以防止误诊。肝内钙化灶不能自行消除，需要明确的是哪些因素引起的，以及引起这种病变的原因，找到病因，及时进行处理。钙化病病史并不需要进行手术，只要病情稳定，就能治愈。