靶向药物在使用一段时间以后，大多数的患者都会出现耐药，耐药的主要表现，首先是出现临床上面可能还没有症状的时候就可以出现影像学的改变，或者是基因的改变。另外一部分人就是有临床的症状的加重或者出现一些新的临床症状，譬如说疼痛、胸闷等等一些局部胸部的病灶加重或者是转移灶出现了一些症状。
这种药物通常在使用7个月-8个月的时候会出现耐药。如果出现耐药可以更换靶向药物。而对于反复的耐药的病人也可以选择全身的静脉化疗，如果条件允许也可以配合生物免疫治疗。
肺结核病是以细胞免疫水平低下为特征的疾病，保护性免疫往往处于劣势，耐多药表现更为突出，对这些即便采用有效的抗结核化疗有时也难以控制结核病的进展，为此采用含敏感药、多药联合的长疗程方案，并辅以免疫治疗方有可能提高细胞免疫水平和巨噬细胞的吞噬能力，提高治愈率。
出现耐药，要再一次进行检测，寻找新的治疗靶点，寻找耐药的原因，如果能发现有新的靶点存在，再根据新的靶点选择新的靶向治疗药物。再进行肿瘤的基因检测联合肿瘤标本进行检测，联合肿瘤病人的外周血进行血液活检，寻找治疗靶点。
如果9291耐药后，可能需要选择其他方式进一步治疗，临床疾病可以根据病情选择生物技术治疗或者是传统中药技术治疗，另外也可以选择药物化疗，具体还是需要结合病情选择确定。
肺结核出现耐药需要做一个结核杆菌的培养，并且行药敏检查，从药敏试验选择抗结核方案。肺结核的复治疗方案是在原来初次治病的基础上延长治病的周期，可以延长两个月。
