因为肾囊肿是先天性的，属于良性，不会恶化的，如果说囊肿小于3厘米，并且没有不适症状，则不需治疗，要定期检查观察囊肿的变化。应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至一年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。
一般不用治疗。患者每年定期到正规医院做彩超，监测囊肿发展，一般对肾脏功能不会产生多大的影响。但是如果当囊肿长得足够大的时候，就可能会对正常的肾组织产生挤压作用甚至影响到肾功能。通常可以考虑做穿刺抽液把囊肿里面的液体抽掉，然后注射无水酒精硬化囊肿，达到缩小囊肿的目的。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
肾囊肿穿刺硬化治疗是治疗肾囊肿的一种比较好的方法，它就是在b超的引导下，经皮肾穿刺进入囊腔内，将囊腔内的液体抽出，然后按照一定的比例将95%的无水酒精或者其他的硬化剂注入囊壁内，通过充分的灌洗将肾囊肿的囊壁黏膜进行破坏，减少囊壁的分泌功能，通过这种治疗可以减轻囊肿的进度，可以使囊肿缩小，囊肿的分泌功能减退，从而抑制囊肿进一步的增大，达到治疗效果。
艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
价格在3000-5000元左右，肾囊肿的治疗一般根据肾囊肿的体积来判断，小于四个厘米的囊肿不需要处理，大于五公分考虑的治疗，用肾脏穿刺硬化治疗，而对于凸出于肾表面的囊肿，腹腔镜肾囊肿去顶减压。
